医疗机构执业许可证是医疗机构合法运营的身份证明，对医疗机构来说具有重要的意义。依据国家《医疗机构条例》，所有医疗机构必须取得医疗机构执业许可证，才能开展医疗服务活动。医疗机构无论是公立还是私立，都必须在取得营业执照的前提下，取得医疗机构执业许可证才能合法运营。
医疗机构执业许可证是经营者合法经营和社会公众就医的必要凭证，而且也是卫生行政部门、卫生监督部门对医疗机构监管服务和质量的主要依据之一。医疗机构执业许可证在每个医疗机构内都必须醒目地张贴，并对外公示，以方便患者了解医疗机构的经营状况及合法性。对于临床实践者来说，医疗机构执业许可证也是医疗执业注册的必要条件，未经医疗机构执业许可证注明的医疗机构不被视为规范合法医学实践有效场所。