《东京教父》讲述了三个流浪汉在寒冷的东京独立生存的故事。他们是经历过家庭暴力、祖国内战等现实的人，被迫离家出走，到一个陌生的城市生活。在东京的冷街上，他们互相扶持，面对绝望选择不向命运低头。对他们来说，街头上的废弃物、垃圾桶、路灯、狗、信仰，都成了生存的希望和梦想。
《东京教父》中展现的现实主义题材与人类固有的自由希望进行对比，充分体现了导演竹内大三郎的拍摄观念。他说：我想把这个故事拍成关于奇迹与希望，以及在重重困难面前仍然相信自己生命的人的故事。在片中，导演将三个流浪汉的生命中最重要的东西呈现出来：战争造成的创伤、对于孩子、家庭生活、理想和未来的渴望，以及互相扶持的友情。